PyCharm использует virtualenv, чтобы предоставить вашему проекту собственный набор пакетов, который отделен от остальной части вашей системы. «Унаследовать пакеты глобального сайта» означает, что пакеты, установленные на вашем компьютере (вне виртуальной среды), будут добавлены в виртуальную среду.