Если нет конкретной причины c, по которой вы хотите закрыть соединение, вы не должны этого делать - закрытие и открытие соединений - это интенсивное и дорогое занятие. Вы открываете соединение один раз и снова используете его, пока ваше приложение работает.
Рекомендуется закрыть все соединения, когда вы полностью закроете свое приложение - вы можете сделать это с помощью
process.on('SIGINT', function() {
mongoose.connection.close(function () {
console.log('Disconnected db on app termination');
process.exit(0);
});
});