Ваш код является почти правильным, посмотрите на код ниже, который вносит небольшую корректировку:
def convert(lst):
d = {}
for i in range(len(lst)):
for j in range(len(lst[i])): # This is the part that differentiates.
d[(i, j)] = lst[i][j]
return d
lst = [[0,1,5,0], [4,0,0,7], [0,11]]
print(convert(lst))
При запуске выдает:
{(0, 0): 0, (0, 1): 1, (0, 2): 5, (0, 3): 0, (1, 0): 4, (1, 1): 0, (1, 2): 0, (1, 3): 7, (2,0): 0, (2, 1): 11}