Попробуйте NCO's ncap2 . Если время имеет размер 3, и каждая полоса интерпретируется как полоса в другое время, то будет работать что-то вроде этого:
ncap2 -s 'band=Band1*time;band[:,:,1]=Band2;band[:,:,2]=Band3' in.nc out.nc
Если вместо этого полосы независимы от времени, то вы должны добавить новое измерение размером 3 для размещения групп, например,
ncap2 -s 'defdim("band",3);Band[$x,$y,$band,$time]=0;Band[:,:,0,:]=Band1;....' in.nc out.nc
Удачи!