Рабочий порт
Nginx по умолчанию равен 80, как и любой другой веб-сервер. Порт, используемый приложением узла, не должен быть 80. Вы можете выбрать подходящие значения порта от 3000 до 50000. Я предлагаю 8080.
После этого запустите приложение узла с pm2, а затем измените раздел proxy_pass в конфигурация nginx.
proxy_pass http://localhost:<new_app_port>;
Кроме того, я бы не рекомендовал использовать proxy_pass таким способом. Вам было бы лучше использовать это, определяя upstrean. Вы можете масштабировать приложение для балансировки нагрузки и нескольких машин под одним адресом.
Nginx восходящий конфиг ref: http://nginx.org/en/docs/http/load_balancing.html