Два случая различны.
В случае (+ nil) аргумент nil вместо числа. В случае (apply + nil) вместо списка чисел стоит ноль.
Эквивалент
user> (+ nil)
nil
при использовании apply будет
user> (apply + '(nil))
nil
который возвращает тот же результат.
С другой стороны, вызывая (apply + nil), вы вызываете + в пустом списке, другими словами, вызываете + без аргументов, что возвращает 0. все следующие эквивалентны:
user> (+)
0
user> (apply + nil)
0
user> (apply + '())
0