Я пытаюсь достать мне sh мозжечка. Проблема в том, что у тома mri недостаточно высокое разрешение, чтобы обеспечить надежную идентификацию различных подструктур, поэтому я занимаюсь разбором SVG-файлов с описанием гистологических окрашивающих слайдов и преобразованием их в заполненные маски, что вы и получите после используя инструмент многоугольника на одном срезе объема МРТ. Я делаю это около 20 ломтиков.
Могу ли я загрузить том с меткой в оснастке, где каждый воксел помечен идентификатором, соответствующим некоторой структуре, и каждая структура имеет свой собственный цветовой код rgb, подобный функции метки загрузки. Когда я загружаю этот том в привязку, он мгновенно распознает помеченные вокселы и позволяет мне использовать функции интерполяции меток для интерполяции этих меток в фрагменты без метки, а затем выполнить экспорт me sh. Прямо сейчас я делаю
import nibabel as nib
import numpy as np
d3 = fixed_3d.astype("int16")
d3[210,:,:][ind] = 1 # ind is the coords inside my structure
new_image = nib.Nifti1Image(d3, affine=np.eye(4))
nib.save(new_image, "vol.nii.gz")
fixed_3d - это мой том атласа, затем я загружаю его в itk snap и также делаю метку импорта. мой файл метки выглядит как
IDX -R- -G- -B- -A-- VIS M SH LABEL
0 0 0 0 0.00 0 0 "Clear"
1 48 126 110 1.00 1 1 "arb"
Но когда я нажимаю на экспорт как поверхность меня sh я получаю сообщение, скучающее по мне sh для выбранного ярлыка