Наконец-то я смог найти обходной путь. Я не уверен, является ли эта проблема следствием проблемы в VFS или это не тот способ, которым VFS ожидает обрабатывать отдельные копии файлов между папками. В любом случае, вот мое решение.
, если вы хотите сохранить полный путь к файлу в FileObject,
FileSystemManager fileSystemManager = VFS.getManager();
FileObject fileToCopy = fileSystemManager.resolveFile("/tmp/submission/2004220.csv");
FileObject destinationDirectory = fileSystemManager.resolveFile("/tmp/test");
NameFileFilter nameFileFilter = new NameFileFilter(Arrays.asList(fileToCopy.getName().getBaseName()));
FileSelector fileSelector = new FileFilterSelector(nameFileFilter);
destinationDirectory.copyFrom(fileToCopy.getParent(),fileSelector);
или
FileSystemManager fileSystemManager = VFS.getManager();
FileObject fileToCopy = fileSystemManager.resolveFile("/tmp/submission");
FileObject destinationDirectory = fileSystemManager.resolveFile("/tmp/test");
NameFileFilter nameFileFilter = new NameFileFilter(Arrays.asList("2004220.csv"));
FileSelector fileSelector = new FileFilterSelector(nameFileFilter);
destinationDirectory.copyFrom(fileToCopy,fileSelector);