AES-CTR можно использовать да. Это может быть использовано для обеспечения конфиденциальности, которую вы ищете. Он имеет некоторые преимущества для шифрования файлов, так как CTR доступен для поиска: вы можете пропустить любое количество блоков до определенного смещения c в потоке сгенерированного ключа.
Однако, дьявол кроется в деталях. AES-CTR быстро теряет всю конфиденциальность, если один и тот же ключ / одноразовый номер используется для шифрования нескольких файлов. Если файл изменяется, то он, вероятно, должен быть повторно зашифрован с использованием другого ключа или одноразового номера. В противном случае несколько версий файла могут утечь информацию, если обе версии станут доступны злоумышленнику.
Необходимо принять достаточные меры, чтобы гарантировать, что блок счетчика не повторяется. Это означает принятие разумного размера nonce. Если это невозможно, вы должны получить ключ, указывающий c для файла или версии файла.