Каков хороший способ вместо этого работать с тройками, хранящимися в базе данных?
Существует множество баз данных RDF, "триплетов", на выбор, Jena, GraphDB, которые вы упомянуть, AllegroGraph, AWS Нептун, RDF4J ... Все они хранят RDF изначально, а RDF всегда RDF (то есть идеально взаимозаменяемы), так что вы можете использовать любое хранилище триплетов и передумать использовать другое и легко перемещать данные.
Является ли целью проекта N3. js, чтобы пользователи работали с файловой системой напрямую?
Не обязательно: это инструмент синтаксического анализа для определенных форм данных RDF, но где вы положите это зависит от вас!