Не одинаковые по размеру кадры в анализе сходимости в R - PullRequest
Новая
       72

Не одинаковые по размеру кадры в анализе сходимости в R

0 голосов
/ 02 апреля 2020

Я пытаюсь выполнить анализ сходимости для набора данных с использованием пакета convvol в R. Для этого я загрузил в набор данных, содержащий данные о 27 видах (каждый с 5 переменными) и дерево филогенетического c (включая все 27 виды). Тем не менее, при выполнении анализа на последнем шаге (Convrat) я получаю ошибку. Вот часть кода: 

example<-read.table("link\\to\\dataset.txt", header=TRUE)
phendata<-example[,3:7]

mammaltree <- read.nexus("MammaltreeONE.nex")
pruned.tree <- drop.tip(mammaltree, mammaltree$tip.label[-match(specieslist, mammaltree$tip.label)])

convtips_PR<-c("Species1","Species2","Species3","Species4","Species5","Species6","Species7","Species8","Species9")
x<-convrat(pruned.tree, phendata, convtips_PR)

И это ошибка, которую я получаю: 

Error in Ops.data.frame(lineagepaths[[2]][ii, ], lineagepaths[[2]][ii +  :

  ‘-’ only defined for equally-sized data frames

У меня есть подозрение, что мои кадры данных не в том же формате, но я Я не уверен, что это могло бы значить и как это решить. Любая помощь приветствуется! Спасибо!

...