Вы можете использовать плагины eclipse и intellij одновременно. Они только добавляют некоторые дополнительные задачи для создания соответствующих файлов конфигурации проекта и не конфликтуют друг с другом.
Для IntelliJ вы просто импортируете проект Gradle непосредственно из IDE, и вам следует не создавать файлы проекта с использованием интерфейса командной строки. Среда IDE также неявно применяет плагин intellij, если он отсутствует, поэтому он даже не нужен в файле сборки, если вам не нужно настраивать проект способом, отличным от значений по умолчанию и от того, что он может вывести из файл сборки.
Я давно не пользовался Eclipse и не знаю, требует ли он наличия подключаемого модуля eclipse. Если это так, просто оставь это. Но вам не нужно ничего делать для поддержки IntelliJ (при условии, что по умолчанию все в порядке).