Когда модель данных, создаваемая ContentProvider, и labelProvider с одинаковым отображением, вы можете использовать один и тот же просмотрщик справа и слева от представления.
Вы можете сравнить элементы TreeItem обоих TreeViewer и отметить те, которые изменились.
Другое решение - сравнить DataModels и добавить специальный флаг к измененным элементам. LabelProvider может проверить этот флаг и нарисовать специальный цвет, чтобы указать, что этот элемент отличается.
Я не знаю редактора внутри Eclipse, обеспечивающего эту функциональность.