Включите ведение журнала общих запросов в производстве. Да, я знаю, что это боль, и я знаю, что это повлияет на ваш рабочий сервер, но BITE THE BULLET. Это будет полезно позже. Оставьте его включенным на неопределенное время, если это возможно (конечно, убедитесь, что ротация, сжатие и срок действия журнала работают, и определенно следите за использованием дискового пространства; сообщите Ops, как отключить его, если случится что-то плохое)
Затем вы можете начать играть с такими инструментами, как mk-query-digest, которые будут запускать EXPLAIN для всех ваших запросов (конечно, делайте это с непроизводственной базой данных, но используйте недавний дамп вашей производственной базы данных).
Это позволит вам определить, какие индексы используются и как часто. По крайней мере, если EXPLAIN не врет, и ваш тестовый сервер использует тот же план, что и производственный.
Или, по крайней мере, в основном так и будет. EXPLAIN пока не сообщает вам, как работают запросы DELETE, UPDATE.