Я думаю, что сборка Micro Python, доступная на micro python .org, уже включает MQTT, поэтому нет необходимости устанавливать ее с upip. Попробуйте это прямо из REPL:
from umqtt.robust import MQTTClient
или
from umqtt.simple import MQTTClient
и начните использовать его оттуда
mqtt = MQTTClient(id, server, user, password)