innodb_buffer_pool_size - это объем памяти, используемый для кэширования таблиц, индексов и некоторых других вещей. Это основная настройка, и вы захотите установить ее достаточно высокой по соображениям производительности - об этом много ресурсов.
innodb_log_file_size - размер файлов журнала фиксации (обычно их два), который влияет на производительность, но не так сильно. Прочитайте документы для получения дополнительной информации.
Значение innodb_log_file_size не должно быть равно значению, отличному от размера текущих файлов, иначе сервер не запустится. Это означает, что если вы хотите изменить его, вам следует аккуратно завершить работу сервера, удалить существующие журналы, и он создаст новые.
С другой стороны, журналы не следует удалять, если база данных не закрылась должным образом, так как она нуждается в их восстановлении.