Сайт использует path_info, и правило по умолчанию не работает:
RewriteRule ^([^/]+)/(.*)$ $1.php/$2 [L]
Я изменяю на:
RewriteRule ^([^/.]+)((/[^/]+)*)/?$ $1.php$2 [L]
Это было странно
И там написано Входной файл не указан.
Php запускается в режиме fast cgi в Apache.