Каждый раз, когда вы делаете npm i, он также проверяет наличие обновленных пакетов и обновляет ваш пакет. json. Приложение можно отключить, но модули вашего узла будут загружены (они добавляются в git игнорировать), если вы загрузите их в git.
Если net действительно является проблемой, тогда я бы предложил приобрести флеш-накопитель или что-то еще, где вы можете загрузить свои файлы и получить к ним доступ без повторной загрузки