Как написать одну команду mongodump и включить оба имени базы данных, чтобы создать только один каталог
Это не так, как работают Unix утилиты. В Unix, если вы хотите организовать свои данные, это делается путем явной организации данных, а не для того, чтобы программа, выполняющая другую функцию (в данном случае выгрузка базы данных MongoDB), организовала ваши данные для вас.
В этом случае создайте необходимую структуру каталогов в сценарии оболочки.