Если вы используете Selenium Webdriver, ваш тест не изменится в главном. Это все еще проверит сторону базы данных. Selenium Webdriver - это просто еще один инструмент для тестирования, более гибкий и позволяющий проводить более сложные тесты, чем в Selenium IDE.
Я не думаю, что это плохая практика, потому что это всего лишь один из тестов, которые должно быть выполнено, чтобы заверить вас, что эта часть вашего проекта работает правильно. В этом случае я бы проверял внутреннюю часть (получал все категории из БД или панели администратора и проверял, нет ли лишних или отсутствующих), а затем проверял панель пользователя (все категории совпадают с установленными в БД и панели администратора).