Если у меня 1000 конфигураций бинов в файле. xml, все эти бины создаются во время создания контейнера
По умолчанию да. Все бины создаются при запуске. Есть аннотация @Lazy, которая позволяет отложить инициализацию до тех пор, пока бин не будет использован.
@Lazy