Проблема не в том, что ваш RowCounter не уменьшается, а в том, что вам нужно переместить инициализацию ColCounter внутри первого l oop, в начале. Оценка while(ColCounter < MultiArray[multiplier - 1].length)
всегда будет возвращать значение false после первой итерации, поскольку ColCounter достиг размера вашего массива.