Использование 2-стороннего теста log-rank для данных (прожиг) из пакета KMsurv

Question

Я пытаюсь запустить 2-сторонний логарифмический тест для проверки гипотезы T3 и Z1 в данных (запись)., (KMsurv).

Вот используемый код:

library(KMsurv)
data()
data(burn)
burn

library(survival)
KM.fit<-survfit(Surv(T3,Z1)~1,data=burn)
summary(KM.fit)
plot(KM.fit, lty=1:2, lwd=2, col=c("black", "blue"))
legend(5, 0.4, c("group 1: surgically", "group 2: percutaneously"), lty=1:2, lwd=c(2,2), col=c("black", "blue"))

logrank<-survdiff(Surv(T3, Z1)~Treatment, data=burn)
logrank$obs[1]
logrank$exp[1]
logrank$var[1,1]

сообщение об ошибке: Ошибка в eval (predvars, data, env): объект «Обработка» не найден

Что следует использовать вместо «Обработка», чтобы сравнить 2 пациента? Что-то еще не так в коде?

Answer 1

library(survival)

Неправильно указано следующее:

KM.fit<-survfit(Surv(T3,Z1)~1,data=burn)

Вы, вероятно, хотите:

KM.fit <- survfit(Surv(T3, D3)~1, data=burn)

Это общее выживание от стратикулезной инфекции aureaus. Смотрите страницу справки для Surv для получения подробной информации о том, как построить этот объект. Чтобы построить кривую выживания:

plot(KM.fit, lwd=2)

Это дает кривую выживания Каплана-Мейера для всей группы с 95% доверительным интервалом.

Для проверки на эффект лечения (Z1: купание против тела очистка), затем вы добавляете Z1 в правую часть формулы:

KM.fit.Z1 <- survfit(Surv(T3,D3)~Z1, data=burn)
KM.fit.Z1

cols <- c("black", "blue")
plot(KM.fit.Z1, lwd=2, lty=1:2, col=cols)
legend(5, 0.3, c("group 1: Bathing", "group 2: bodily cleansing"), 
       lty=1:2, lwd=c(2,2), col=cols)

И тест:

survdiff(Surv(T3, D3)~Z1, data=burn)

Страница справки burn объясняет переменные:

Z1 Процедура: 0 регулярных купаний 1 очищение тела

Z2 Пол (0 = мужской 1 = женский)

Z3 Раса: 0 = небелая 1 = белый

T3 Время до стратикулезной инфекции aureaus или во время обучения

D3 Страфилоктное aureaus инфекции: 1 = да 0 = нет