Это связано с тем, что каждый вторичный индекс в MySQL (и любом другом ядре базы данных) представляет собой отдельный пул хранения, обычно организованный в виде некоторого типа B-дерева.
Эти пулы хранения содержат индексные записи с индексированными значениями и указатели определенного типа на запись базовой таблицы. В случае MySQL этот указатель является ПЕРВИЧНЫМ КЛЮЧОМ базовой таблицы.
Каждый раз, когда вы ВСТАВЛЯЕТЕ или УДАЛЯЕТЕ запись, в этих областях хранения индекса будут добавляться или удаляться новые записи. Если вы ОБНОВЛЯЕТЕ запись - и ОБНОВЛЕНИЕ включает индексированный столбец, соответствующему пулу хранения индекса также необходимо обновить свою запись.