Когда вы рисуете столбчатую диаграмму, столбцы расширяются от index-width / 2 до index + width / 2, где index - целое число [0,1, ..., N_of_bars-1]. По умолчанию ширина равна 0,8, поэтому полосы не совсем соприкасаются друг с другом. Если вы хотите видеть целые бары во вставке, вам необходимо учитывать ширину баров:
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 8))
overview_data_x = ['Test1', 'Test2', 'Test3', 'Test4', 'Test5', 'Test6', 'Test7', 'Test8']
overview_data_y = [2500, 4100, 3900, 2000, 15, 75, 10, 25]
color = ['darkgrey', 'crimson', 'darkgreen', 'royalblue', 'orchid', 'y', 'peru', 'c']
ax.bar(overview_data_x, overview_data_y, color=color, align='center')
ax.set_ylabel('MB/s')
axins = inset_axes(ax, width="50%", height=1.5, loc=1)
axins.bar(overview_data_x, overview_data_y, color=color, align='center')
# BELOW IS THE ONLY LINE THAT I CHANGED
x1, x2 = overview_data_x.index('Test5')-0.5, overview_data_x.index('Test8')+0.5
y1, y2 = 0, 100
axins.set_xlim(x1, x2)
axins.set_ylim(y1, y2)
mark_inset(ax, axins, loc1=3, loc2=4, fc="none", ec="0.5")
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/Uo0Ds.png)