Перемещение файла не должно быть проблемой. Взгляните на это . Вы можете передать путь к файлам как переменные.
using System.IO;
string path = (string)Dts.Variables["User::path1"].Value;;
string path2 = (string)Dts.Variables["User::path2"].Value;;
try
{
// Ensure that the target does not exist.
if (File.Exists(path2))
File.Delete(path2);
// Move the file.
File.Move(path, path2);
}