Это может быть очень новый ie вопрос, но как именно вы используете phpDocumentor для генерации ваших документов через Laravel? В моем проекте Laravel нет phpdo c в каталоге vendor/bin, и попытка установить phpDocumentor через composer не удалась (как предложено на странице GitHub).
Я не смог найти какие-либо недавние ресурсы по этому поводу, единственное, с чем мне повезло, это запуск файла phpDocumentor.phar из терминала, но самая новая версия сразу перестала работать.