Man I HATE файл web.config - это полный беспорядок. Как упоминал предыдущий ответчик, это было исправлено и приведено в порядок в ASP.NET 4.
Тем не менее, для тех из нас, кто придерживался более ранней технологии (например, ASP.NET3.5, VS2008 и т. Д.), Вы все равно можете разделить его на несколько файлов, чтобы сделать его более управляемым с помощью configSource атрибут .
См. эту статью