Самый простой способ защитить паролем каталог с помощью Apache - это htpasswd:
добавьте ваш .htaccess в корневой каталог защищенного дерева каталогов:
AuthUserFile /home/user/www/protected/.htpasswd
AuthType Basic
AuthName "Protected"
Require valid-user
затем запустите его из командной строки и введите желаемый пароль:
htpasswd -c /home/user/www/protected/.htpasswd user
Вы можете добавить другого пользователя, например, так:
htpasswd /home/user/www/protected/.htpasswd user2
Чтобы загрузить файлы в этом защищенном каталоге с помощью php, используйте обычную аутентификацию. то есть построить URL-адрес так: http://user:password@server/protected/file.txt
Ваш комментарий, в cpanel есть функция «Защита паролем каталогов», доступная с главной страницы. Вот некоторые подробности об этом:
http://www.siteground.com/tutorials/cpanel/pass_protected_directories.htm
если вы планируете хранить загруженные файлы в защищенном каталоге, вам просто нужно убедиться, что move_uploaded_file скопирует файл в правильный путь, например:
move_uploaded_file($tmpPath, "/home/user/www/protected/$name");