Fit_resamples с пакетом Ranger не удается - PullRequest
Новая
       69

Fit_resamples с пакетом Ranger не удается

0 голосов
/ 09 марта 2020

попробуйте использовать перекрестную повторную выборку и подобрать случайный лес из пакета рейнджера. Подгонка без передискретизации работает, но как только я попробую подгонку сэмплирования, произойдет сбой с ошибкой, приведенной ниже.

Подумайте над следующим df

df<-structure(list(a = c(1379405931, 732812609, 18614430, 1961678341, 
2362202769, 55687714, 72044715, 236503454, 61988734, 2524712675, 
98081131, 1366513385, 48203585, 697397991, 28132854), b = structure(c(1L, 
6L, 2L, 5L, 7L, 8L, 8L, 1L, 3L, 4L, 3L, 5L, 7L, 2L, 2L), .Label = c("CA", 
"IA", "IL", "LA", "MA", "MN", "TX", "WI"), class = "factor"), 
    c = structure(c(2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 
    2L, 2L, 2L, 1L), .Label = c("R", "U"), class = "factor"), 
    d = structure(c(3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 
    3L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("CAH", "LTCH", "STH"), class = "factor"), 
    e = structure(c(3L, 2L, 3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 3L, 2L, 4L, 2L, 
    2L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("cancer", "general long term", 
    "psychiatric", "rehabilitation"), class = "factor")), row.names = c(NA, 
-15L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

После простой подгонки сработает без проблем 

library(tidymodels)
library(ranger)

rf_spec <- rand_forest(mode = 'regression') %>% 
  set_engine('ranger')


rf_spec %>% 
  fit(a ~. , data = df)

Но как только я хочу запустить перекрестную проверку с помощью 

rf_folds <- vfold_cv(df, strata = c)

fit_resamples(a ~ . ,
              rf_spec,
              rf_folds)

Следующая ошибка

модель: Ошибка в parse.formula (формула, данные, env = parent .frame ()): Ошибка: недопустимые имена столбцов в интерфейсе формул. Исправьте имена столбцов или используйте альтернативный интерфейс в рейнджере.

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 21 марта 2020

Джулия поспорила со мной, чтобы она получила карму. У меня был тот же ответ (я делаю то, что она делает, но медленнее):

Это разновидность ошибки, и мы работаем над тем, чтобы она не была ошибкой. Это сложно. Позволь мне объяснить.

ranger - один из немногих пакетов R, метод формул которых не создает фиктивные переменные (разумно, поскольку они им не нужны).

Инфраструктура в tune использует пакет workflows для обработки формулы, а затем передает полученные данные в ranger. По умолчанию , рабочие процессы создают фиктивные переменные, и, поскольку некоторые из ваших уровней факторов не являются допустимыми именами столбцов R (например, "general long term"), ranger() выдает ошибку.

(я знаю, что вы не использовали рабочий процесс, но именно это происходит под капотом).

Мы работаем над тем, что лучше всего сделать, поскольку большинство пользователей не знают, что многие пакеты моделей на основе дерева не создают фиктивных переменных. Чтобы сделать его более сложным, parsnip не использует рабочие процессы (пока) и не выдает ошибку.

Решение на данный момент

Используйте простой рецепт вместо формулы: 

library(tidymodels)
#> ── Attaching packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidymodels 0.1.0 ──
#> ✓ broom     0.5.4      ✓ recipes   0.1.10
#> ✓ dials     0.0.4      ✓ rsample   0.0.5 
#> ✓ dplyr     0.8.5      ✓ tibble    2.1.3 
#> ✓ ggplot2   3.3.0      ✓ tune      0.0.1 
#> ✓ infer     0.5.1      ✓ workflows 0.1.0 
#> ✓ parsnip   0.0.5      ✓ yardstick 0.0.5 
#> ✓ purrr     0.3.3
#> ── Conflicts ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidymodels_conflicts() ──
#> x purrr::discard()  masks scales::discard()
#> x dplyr::filter()   masks stats::filter()
#> x dplyr::lag()      masks stats::lag()
#> x ggplot2::margin() masks dials::margin()
#> x recipes::step()   masks stats::step()
df<-structure(list(a = c(1379405931, 732812609, 18614430, 1961678341, 
2362202769, 55687714, 72044715, 236503454, 61988734, 2524712675, 
98081131, 1366513385, 48203585, 697397991, 28132854), b = structure(c(1L, 
6L, 2L, 5L, 7L, 8L, 8L, 1L, 3L, 4L, 3L, 5L, 7L, 2L, 2L), .Label = c("CA", 
"IA", "IL", "LA", "MA", "MN", "TX", "WI"), class = "factor"), 
    c = structure(c(2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 
    2L, 2L, 2L, 1L), .Label = c("R", "U"), class = "factor"), 
    d = structure(c(3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 
    3L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("CAH", "LTCH", "STH"), class = "factor"), 
    e = structure(c(3L, 2L, 3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 3L, 2L, 4L, 2L, 
    2L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("cancer", "general long term", 
    "psychiatric", "rehabilitation"), class = "factor")), row.names = c(NA, 
-15L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))


library(tidymodels)
library(ranger)

rf_spec <- rand_forest(mode = 'regression') %>% 
  set_engine('ranger')

rf_folds <- vfold_cv(df, strata = c)
fit_resamples(recipe(a ~ ., data = df),  rf_spec, rf_folds)
#> #  10-fold cross-validation using stratification 
#> # A tibble: 9 x 4
#>   splits         id    .metrics         .notes          
#> * <list>         <chr> <list>           <list>          
#> 1 <split [13/2]> Fold1 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 2 <split [13/2]> Fold2 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 3 <split [13/2]> Fold3 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 4 <split [13/2]> Fold4 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 5 <split [13/2]> Fold5 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 6 <split [13/2]> Fold6 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 7 <split [14/1]> Fold7 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 8 <split [14/1]> Fold8 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 9 <split [14/1]> Fold9 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>

# FYI `tune` 0.0.2 will require a different argument order: 
# rf_spec %>% fit_resamples(recipe(a ~ ., data = df), rf_folds)

Создано в 2020-03-20 путем представительный пакет (v0.3.0)

1 голос
/ 21 марта 2020

Указанный выше комментарий является правильным, так как источником проблемы здесь являются пробелы в столбце коэффициента. Функции для повторной выборки и функции для простого старого подбора в настоящее время обрабатывают это по-разному, и мы активно изучаем, как решить эту проблему для пользователей. Спасибо за ваше терпение!

А пока я бы порекомендовал установить простой workflow() плюс recipe(), который вместе будет обрабатывать все необходимые фиктивные переменные для вас. 

library(tidymodels)

rf_spec <- rand_forest(mode = "regression") %>% 
  set_engine("ranger")

rf_wf <- workflow() %>%
  add_model(rf_spec) %>%
  add_recipe(recipe(a ~ ., data = df))


fit(rf_wf, data = df)
#> ══ Workflow [trained] ═══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
#> Preprocessor: Recipe
#> Model: rand_forest()
#> 
#> ── Preprocessor ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
#> 0 Recipe Steps
#> 
#> ── Model ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
#> Ranger result
#> 
#> Call:
#>  ranger::ranger(formula = formula, data = data, num.threads = 1,      verbose = FALSE, seed = sample.int(10^5, 1)) 
#> 
#> Type:                             Regression 
#> Number of trees:                  500 
#> Sample size:                      15 
#> Number of independent variables:  4 
#> Mtry:                             2 
#> Target node size:                 5 
#> Variable importance mode:         none 
#> Splitrule:                        variance 
#> OOB prediction error (MSE):       4.7042e+17 
#> R squared (OOB):                  0.4341146

rf_folds <- vfold_cv(df, strata = c)

fit_resamples(rf_wf,
              rf_folds)
#> #  10-fold cross-validation using stratification 
#> # A tibble: 9 x 4
#>   splits         id    .metrics         .notes          
#>   <list>         <chr> <list>           <list>          
#> 1 <split [13/2]> Fold1 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 2 <split [13/2]> Fold2 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 3 <split [13/2]> Fold3 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 4 <split [13/2]> Fold4 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 5 <split [13/2]> Fold5 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 6 <split [13/2]> Fold6 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 7 <split [14/1]> Fold7 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 8 <split [14/1]> Fold8 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>
#> 9 <split [14/1]> Fold9 <tibble [2 × 3]> <tibble [0 × 1]>

Создано в 2020-03-20 пакетом Представить (v0.3.0)

...