Итак, вот как я это исправил для себя. Учитывая оригинальную разметку файла
top-+
|
|-foo-+
| |-page1
| |-.git
|
|-bar-+
|-page2
Я хотел добавить директорию bar в мой репозиторий и иметь файл .git прямо в директории 'top'.
создать новый каталог foo внутри существующего хранилища
переместить все версионные файлы в новый каталог foo, используя git mv
переместите каталог bar в исходный каталог foo, и файловая система теперь должна выглядеть следующим образом:
top-+
|
|-foo-+
|-.git
|-foo-+
| |-page1
|
|-bar-+
|-page2
- переместить исходный каталог foo на один уровень вверх
/-+
|-top/
|-foo-+
|-.git
|-foo-+
| |-page1
|
|-bar-+
|-page2
- удалить top и переименовать foo в top
- зафиксировать изменения
История версий сохраняется, и у вас есть сообщение о коммите, чтобы показать, как изменилась структура каталога.