Необходимо получить коллекции, доступные только в меню магазина, через API. Коллекции меню являются подмножеством опубликованных коллекций. Все опубликованные коллекции не будут отображаться в меню.
Вы не можете достичь этого.
В настоящее время нет API, который мог бы ориентироваться на навигацию по меню.
Вы можете получить опубликованные коллекции, но нет способа узнать, какие находятся в навигации.
Вот аналогичный вопрос, заданный в их сообществе: https://community.shopify.com/c/Shopify-APIs-SDKs/Navigation-API-Endpoint/td-p/465701