В зависимости от требований к скорости передачи данных в режиме реального времени, не требующий высоких технологий способ сделать это - использовать общий файл, в котором Matlab записывает данные с меткой времени, а при обработке периодически проверяет файл на наличие новых данных.
Это один из способов межпроцессного взаимодействия между двумя независимо запущенными процессами. Другой, более надежный способ заключается в использовании какого-либо сокетного взаимодействия (например, сокетов tcp или udp) между двумя процессами. Но программирование может быть довольно сложным, если вы не владеете и Matlab, и Java.
Третий способ заключается в том, что Matlab действительно способен запускать код Java напрямую. Так что если вы можете вызвать код обработки из Matlab, то вы можете передать строки непосредственно в ваш код обработки, используя Java аргументы метода и т. Д. c.