У меня была такая же проблема, как и у вас. Я предполагаю, что текущая версия для Windows нестабильна. Мое решение заключалось в том, чтобы go перейти на страницу архива anaconda:
https://repo.continuum.io/archive/
и загрузить вторую самую новую версию, т.е. Anaconda3-2019.10- Windows - x86_64.exe 461,5 млн. 2019-10-15 09:27:17. Этот оказывается стабильным, и установка была завершена через 3 минуты.