Зависит от того, как часто меняются значения. Если они никогда не изменятся, я бы оставил их в вашем исходном коде.
Я бы держался подальше от хранения данных, которые изменяются в Web.Config, поскольку его изменение вызывает перезапуск пула приложений.
Мой голос будет заключаться в том, чтобы хранить их в зашифрованном виде в базе данных и обеспечивать простой способ изменения значений (например, сохранять значения в кеше и обновлять их, когда они изменяются пользователем).