Решение.
Как упоминалось в andy_fingerhut, вектор создается и пропускается, когда регулярные выражения записывают группы символов:
(clojure.string/replace my-line #"\*(.*?)\*" #(.toUpperCase (%1 1)))
=> "Lorem ipsum dolor sit amet, CONSETETUR, tempor invidunt ut LABORE ET DOLORE MAGNA ALIQUYAM erat, sed diam"
Так что в моем case:
(clojure.string/replace my-line #"\*(.*?)\*"
#(clojure.string/join (take (count (% 1)) (repeat " "))))
=> "Lorem ipsum dolor sit amet, , tempor invidunt ut erat, sed diam"