Вы уже создали массив, поэтому вам просто нужно удалить нужные элементы и переписать то, что осталось обратно в файл, переписав старый. Есть несколько способов сделать это, все следующее изменит исходный массив:
Удалите последний элемент и верните то, что было удалено.
let popped = code_array.pop()
Удалите первый элемент и верните что было удалено.
let shifted = code_array.shift()
Удалите 3 элемента, начиная с индекса элемента 2 (3-й элемент, он основан на 0!) и верните массив того, что было удалено.
let spliced = code_array.splice(2, 3);