Он не будет использовать исполняемый файл sqlite3 напрямую, если вы об этом думаете. Он будет связан с библиотекой sqlite3 dynamici c, установленной в вашей системе. Чтобы узнать, с какой конкретно библиотекой он связан, используйте ldd в расширении _sqlite3 python c. Модуль _sqlite3 является базовым интерфейсом, на который опирается модуль sqlite3.
$ <b>ldd `find /usr/lib/python3.7/ -name '_sqlite3*'` | grep sqlite</b>
libsqlite3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsqlite3.so.0 (0x00007f47705a2000)