на всякий случай, если кому-то интересно, вот последний код, который добился цели (в Python):
_freq = array of nonlinear values
_Ymin, _Ymax, _Ystep = (0, 5000, 10)
_Ymin = np.abs(_freq - _Ymin).argmin()
_Ymax = np.abs(_freq - _Ymax).argmin()
plt.ylim([_Ymin, _Ymax +1])
_yticks = np.arange(_Ymin, _Ymax +1, _Ystep)
plt.yticks(ticks= _yticks, labels= _freq[_yticks])