Потому что нет часового пояса, который вы определили. Хотя вы думаете, что определили часовой пояс, на самом деле as.POSIXct не читает индикатор 'UT C' в вашей строке.
Поэтому as.POSIXct не находит ваш часовой пояс.
Когда вы печатаете время, POSIXct не находит никакого часового пояса в объекте и предполагает, что вы подразумеваете свой часовой пояс, если часовой пояс не определен. Поэтому вы получаете часовой пояс вашего компьютера при печати объекта.
Например, когда я запускаю ваш код, я получаю:
> my_time<- as.POSIXct("2020-02-01 06:20:09 UTC")
> my_time
[1] "2020-02-01 06:20:09 CET"
Поэтому вы должны определить часовой пояс:
> my_time<- as.POSIXct("2020-02-01 06:20:09", tz='UTC')
> attributes(my_time)
$class
[1] "POSIXct" "POSIXt"
$tzone
[1] "UTC"