У вас может быть несколько базовых подходов R, например,
a <- within(a,test <- ifelse(id %in% b$id,"yes","no"))
или
a <- within(a,test <- c("yes","no")[(!id%in% b$id) + 1])
или
a <- within(a,test <- c("yes","no")[is.na(match(id,b$id))+1])
, таких что
> a
id test
1 1-23-2 yes
2 2-3-231-2 no
3 122-121 yes
ДАННЫЕ
a <- data.frame(id = c("1-23-2", "2-3-231-2", "122-121"))
b <- data.frame(id = c("1-23-2", "122-121", "12-1223-12", "1221-12"))