Определение рабочего процесса для импорта данных счетчика RNA-seq - PullRequest
0 голосов
/ 23 апреля 2020

Я начинаю с R, и я прочитал некоторые основы и синтаксис, чтобы начать с ним, теперь я использую miodin для определения проекта и дизайна исследования типа «случай-контроль».

library(miodin)
mp <- MiodinProject(name = "MyProject", author = "Myself", path ="." )
mshow(mp)

У меня есть файл с именем "randseq" на жестком диске моего компьютера, который выглядит следующим образом.

ID LineA_1 LineA_2 LineA_3 LineA_4 LineA_5 LineB_1 LineB_2 LineB_3 LineB_4 LineB_5 LineB_6 LineB_7 LineB_8 LineB_9

1000000000000 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 3 0

ENSG00000000005 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

ENSG00000000419 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0

Теперь я хочу определить рабочий процесс для импорта данных счетчика RNA-seq этого файла, который находится в папке analysis_with_r, используя дизайн исследования. Выполните рабочий процесс и экспортируйте набор данных в папку проекта. Ниже приведен мой код для него

mw <- MiodinWorkflow(name = 'MyProject')
mw <- mw + downloadRepositoryData(
    name = 'RNA downloader',
    accession = 'randseq',
    repository = '/Users/aarf/Desktop/analysis_with_r/randseq.txt',
    path = 'data',
    type = 'processed'
    )
mw <- insert(mw,mp)
mshow(mw)

mw <- execute(mw)
saveDataFile(mp)
export(mp, 'dataset', 'randseq')

После запуска этого кода я получаю эту ошибку

[INFO] Модуль завершается со следующей ошибкой [ОШИБКА] Неизвестный репозиторий / Users / aarf /Desktop/analysis_with_r/randseq.txt [INFO] 1 модули не были выполнены [СОСТОЯНИЕ] Выполнение завершено

Кто-нибудь может сказать мне, что я здесь не так делаю?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...