Существует нечто, называемое классом JsonSerializerSettings, в котором могут быть установлены такие настройки. Затем эти параметры можно передать с помощью DeserializeObject после строки json. Параметр, который вы ищете, называется DefaultValueHandling, это будет перечислитель в настройках с несколькими настройками. Чтобы увидеть, что возможно с этими настройками, посмотрите их documentat ie.
Ваш код будет выглядеть примерно так:
var result = JsonConvert.DeserializeObject<RootObject>("json string", new JsonSerializerSettings
{
DefaultValueHandling = DefaultValueHandling.Ignore
});