Если вам нужно проверить, было ли поле уже преобразовано, вы можете использовать это условие:
/usr/bin/mongo mydb --eval 'db.mycollection.find().forEach(function(doc){
if (doc.date instanceof Date !== true) {
doc.date = new ISODate(doc.date);
db.mycollection.save(doc);
}
});'
В противном случае командная строка может прерваться.