Библиотека bioruby (или, по крайней мере, некоторые ее версии) использует автозагрузку. Автозагрузка не поддерживает потоки (по крайней мере, в ruby 1.8), поэтому, если два потока одновременно обращаются к Bio :: Alignment, вы можете получить ошибки.