Без дополнительной информации трудно понять, какое решение является правильным, но если данные уже находятся в S3, я сначала попробую использовать Athena. Если это делает то, что вы хотите или стоит слишком дорого, я бы тогда посмотрел на RDS Aurora MySQL или Postegre SQL или Amazon DocumentDB.
Если вы собираетесь сделать пользователя с высокопроизводительным приложением там, где вы знаете, что шаблоны доступа будут повторяться пользователями, я бы посмотрел на DynamoDB.
Во-первых, вам действительно нужно выяснить, чего вы хотите достичь с помощью этих данных. Это должно привести вас к правильному решению.