IntelliJ не имеет встроенного git и, таким образом, не ищет самих конфигураций - он просто выдает команды клиенту командной строки git, а git сам считывает конфигурации по мере необходимости и применяет их.
Единственная причина для git видеть конфигурацию при запуске вручную, но не видеть, когда запускается IDE, может быть различиями среды - например, если у вас есть какая-то переменная среды, изменяющая gitconfig (например, $GIT_CONFIG
или $XDG_CONFIG_HOME
), который был установлен в текущем tty, но недоступен в контексте IDE.
Использование глобального конфигурационного файла по умолчанию ~/.gitconfig
всегда должно работать, хотя