Matplotlib по умолчанию не отображает маркеры, только линия. Согласно комментарию @Can, matplotlib интерпретирует ваш массив (1, 5) как 5 различных наборов данных, каждый из которых имеет 1 точку, поэтому нет линии, поскольку нет второй точки.
Если вы добавите маркер в свой тогда вы можете увидеть, что данные на самом деле строятся, но, вероятно, не так, как вы. wi sh:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
x=np.random.randint(0,10,[1,5])
y=np.random.randint(0,10,[1,5])
x.sort(),y.sort()
fig, ax=plt.subplots(figsize=(10,10))
ax.plot(x,y, marker='.') # <<< marker for each point added here
ax.set( title="random data plot", xlabel="x",ylabel="y")