Я считаю, что IE8 использует отдельный процесс для каждого окна. Если вы используете сеансовые файлы cookie, новый процесс начнется с нового сеанса и, следовательно, не сможет отправить сеансовые файлы cookie, полученные другим процессом. Можете ли вы попробовать использовать постоянные куки и посмотреть, что произойдет?
С http://www.microsoft.com/windows/internet-explorer/beta/readiness/developers-existing.aspx#lcie
Слабосвязанный Internet Explorer
(LCIE) является архитектурным
улучшить браузер, отделив его
компоненты и ослабление их
взаимозависимость: особенно это
попытка изолировать интернет
Рамка проводника и его вкладки в
отдельные процессы. В интернете
Explorer 8, эта изоляция принесет
об улучшении производительности и
масштабируемость, а также более мощный
методы для восстановления от таких проблем, как
сбой диска или системы.