В чем проблема? Я имею в виду, что каждый модуль должен использовать свое имя для основного контейнера и так далее. Вы можете использовать селектор CSS умным способом, чтобы ссылаться на страницы шаблона.
Например, модуль FAQ использует идентификатор для всей части вывода html, например faq-question и faq-answer на главной странице.
Просто проверьте ваш полученный код и css его, если возможно, измените связанный с модулем css!